A legrégibb antikvánk Erasmus 1516-ban Bázelben, Frobenius által kiadott Institutio Principis Christiani című műve. A vegyes tematikájú, de főképp teológiai művekből álló gyűjtemény jelentőségét emelik a kötetekben levő gazdag possessor-bejegyzés-anyag, ill. a történeti kötések. A gyűjtemény katalógusa megjelenés előtt áll.
Colecții speciale
A kb. 300 kötetből álló gyűjtemény közel egytizede rendkívül ritka nyomtatvány. A magánszemélyek és intézmények által adományozott könyvekben az átlagnál több possessor-bejegyzés van, és nagy számban maradtak meg az eredeti kötések is. Az Erdélyi Református Egyházkerület püspöki könyvtárának 2014-ben történt felszámolásakor egy 1590-es Vizsolyi Bibliával bővült a gyűjtemény.
Az 1850 utáni kéziratok külön gyűjteményt képeznek. Ide tartoznak a napjainkig állományba vett tanári hagyatékok, kurzusok, doktori dolgozatok is. A gyűjtemény vegyes tematikájú anyagában számos érdekesség található, többek között három 17–18. századi peregrinációs album, egy 18.
A könyvtár két Biblia-gyűjteménnyel is rendelkezik. Az egyik a könyvtár sajátja, a másik Musnai László lelkész, nagyenyedi tanár gyűjteménye, amely letétként 1949-ben került a könyvtárba. A két gyűjteményben megtalálható szinte az összes jelentős magyar protestáns és katolikus bibliakiadás. Emellett számos kuriózum található idegen nyelven.
Az átszervezés során különválogattuk az állományban található összes káté- és énekeskönyv-kiadást, és ezekből külön gyűjteményt hoztunk létre. Ezek feldolgozása, katalogizálása jelenleg még folyamatban van.
Intézetünk egyik büszkesége, hogy a könyvtárban megtalálható az első tanévtől a napjaink leadott összes szakvizsgadolgozat. 120 év anyagán végigtekintve nyomon követhető, ahogy a kezdetben alig pár lapos, kis formátumú, kéziratos dolgozatok hogyan fejlődtek fokozatosan egyre vaskosabb, kezdetben írógéppel, majd számítógéppel szerkesztett, sok esetben illusztrált kötetekké.
Felépítéséből kifolyólag a gyűjteményben az átszervezés előtt nem különültek el kategorikusan a periodikák a törzsállománytól. 2006-ban az egykori duplumtárban alakítottunk ki egy egységes folyóirattárat, amelyben 471 folyóirat kapott helyet.
A Kecskeméthy István (1864–1938) teológiai tanár, hebraista, bibliafordító hagyatékából az Intézet könyvtárába került könyvanyag különálló gyűjteményt képez. Bár a birtokunkban levő könyvanyag valószínűleg nem teljes, a gyűjteményben levő Bibliák, kézikönyvek jól tükrözik tulajdonosuk szellemi irányultságát. A gyűjtemény jelentőségét emelik a Kecskeméthy bibliafordításának kéziratai, ill.
A kisnyomtatványok gyűjteménye halotti jelentőket, meghívókat, egyleveles nyomtatványokat őriz.